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合作醫療保險的醫療費用結算實行“分段管理、兩級結算”的方式。具體為：
一、將提取風險金和調節金后的合作醫療保險年度預算基金（不含職工子女及學生的預算基金，下同），按政府補助資金（20元的余額部分，下同），參保人員個人繳費資金（45元的余額部分，下同）兩塊，分別測定市、各區（管委會）分段管理的當年醫療費用支出預算總量指標，其中以政府補助資金為基數測定的當年醫療費用支出預算總量指標由鎮江市醫療保險結算中心（以下簡稱市結算中心）予以控制使用。以各區（管委會）所轄參保人員的個人繳費資金為基數測定的各區（管委會）當年醫療費用支出預算總量指標由結算中心配合各區（管委會）合作醫療保險領導小組辦公室（以下簡稱區〈管委會〉合管辦），按參保人員個人繳費額、各定點醫療機構所建參保人員健康檔案數等予以測定分配并控制使用。
二、將參保人員每次就診所發生的醫療費用，以5000元為界劃分為兩段實行兩級結算。即5000元（含5000元）以下部分的醫療費用由各區（管委會）所轄各定點醫療機構予以結算，并列入其年度預算總額指標予以管理；5000元（不含5000元）以上部分，由市結算中心予以結算，并亦納入年度預算總額指標進行管理。
職工子女及學生所繳納的合作醫療保險基金，單獨列帳、單獨管理、單獨結算。即根據當年職工子女及學生合作醫療保險基金的籌集預算額，在提取風險金和調節金后，其余全部作為職工子女及學生當年的醫療費用支出預算總量，由市結算中心按《鎮江市社會醫療保險醫療費用結算辦法》的規定，分別測算并納入社會基本醫療保險的預算總量指標予以分配及控制使用。職工子女及學生的合作醫療保險基金結算管理按《鎮江市社會醫療保險醫療費用結算辦法》的規定予以執行。
四、根據年度預算總額指標及“分段管理、兩級結算”的實施情況，年終予以決算平衡。
（一）各區（管委會）所屬各類定點醫療機構的決算方式為：
1、醫療費用在預算總額指標內的，按實結算，結余部分全部歸院；
2、醫療費用超出預算總額的合理增長部分，由各區（管委會）合管辦使用提取的調節金，視不同情況給予適量補助。合理增長部分的確定，以及補助標準的擬定，皆由各區（管委會）合管辦根據社會醫療保險的有關規定予以檢查考核確定，并報市結算中心核定后予以實施。
（二）市結算中心管理及控制使用的年度預算總額指標，納入社會基本醫療保險的醫療費用結算予以管理，其年終結算也參照其有關規定予以實施。 |