第三十一條  資產包括基金運行過程中形成的現金、銀行存款（含財政專戶存款、收入戶存款、支出戶存款）、暫付款項等。經辦機構應及時辦理現金存儲手續，按月與開戶銀行對賬；同時，經辦機構、財政部門等要定期對賬，保證賬賬相符、賬款相符。暫付款項要定期清理，及時收回。

第三十二條  負債包括基金運行過程中形成的借入、暫收款項等。借入和暫收款項應定期清理，及時償付。因債權人等特殊原因確實無法償付的，經財政部門批準后作為基金的其他收入。

第三十三條  新農合提高統籌級次及其他特殊情況發生時，應當對本級基金進行清算。 　　基金清算時，按照補償參合農民醫藥費、支付定點醫療機構墊付的參合農民醫藥費、支付其他應付款項和暫存款項的順序進行清償。基金清算后的余額和基金運行中形成的其他資產、未清償的債務及有關資料等一并轉入指定的部門或單位。