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第二十九條
勞務工合作醫療費用的結算，分門診與住院兩種結算方式。
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第三十條
勞務工合作醫療門診醫療費用的結算，采用“年度結算、按月償付、定額包干”的形式。
市社保機構根據各街道辦轄區參加人選擇就醫的情況，核算分配到牽頭醫院的基金數額，以核算數額為基數，暫扣5%與醫療服務質量掛鉤的費用后，其余95%按月劃撥給牽頭醫院統籌管理，由牽頭醫院負責分配與結算。
5%與醫療服務質量掛鉤的費用于年終根據考核結果確定支付比例。
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第三十一條
參加人住院醫療費用，采用與各定點醫療機構協議平均住院人次費用標準的方式結算。
平均住院人次費用標準包括下列可記帳項目的費用：診金、床位費、藥品費、檢驗費、手術及麻醉費、搶救費、監護費、護理費、檢查費、治療費、材料費和大型手術設備儀器費等。
每月按應償付總額的95%支付，5%的費用與醫療服務質量掛鉤，年終根據考核結果確定支付比例。
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第三十二條
經核準轉診到市內或市外的住院醫療費用，參加人回到轉出牽頭醫院報銷。每轉出一名住院病人，市社保機構按一個住院人次費用標準償付給轉出的牽頭醫院，超出部分，由市社保機構與轉出的牽頭醫院按8∶2的比例分擔。
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第三十三條
市社保機構與定點醫療機構按月償付住院醫療費用，定點醫療機構應于每月10日前將上月下列資料報送市社保機構審核：
(一)定點醫療機構住院醫療費用月報表；
(二)住院費用結帳單。
市社保機構審核并扣除違規金額后，于每月下旬將上月應付的醫療費用劃撥給定點醫療機構。
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第三十四條
參加人因公外出或出差，在街道辦區域之外的醫療機構門診急診搶救，及經核準轉診到市內或市外醫療機構的醫療費用，應在3個月(住院從出院日起算)內憑轉出醫院轉診證明、門診病歷或蓋有醫院印章的住院病歷復印件、出院診斷證明書或出院小結、費用明細清單、原始收費收據、用人單位證明和《深圳市勞務工合作醫療證》等有關資料，到牽頭醫院辦理報銷手續。
參加人因公外出或出差，在街道辦區域之外的醫療機構急診住院搶救的醫療費用，應在出院后3個月內憑蓋有醫院印章的住院病歷復印件、出院診斷證明書或出院小結、費用明細清單、原始收費收據、用人單位證明和《深圳市勞務工合作醫療證》等有關資料，到市社保機構辦理報銷手續。
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